"我这个项目该用什么测序平台？"是立项时最常被问到的问题。选错平台轻则浪费预算，重则拿到的数据根本回答不了科学问题。三大主流平台各有所长，关键是把科学需求和平台特性对上。
核心差异：短读长 vs 长读长
最根本的分野是读长。Illumina 是短读长（一般 150 bp 双端），Nanopore 和 PacBio 是长读长（数千到上百万 bp）。读长决定了能不能跨过基因组里的重复区、能不能读穿一条完整转录本——这往往比单纯的准确率更影响结论。
Illumina（短读长）
- 优势：单碱基准确率高（约 99.9%）、通量大、单碱基成本最低、生态最成熟；
- 短板：读长短，难以解析高重复区和复杂结构变异，转录本只能靠拼接推断；
- 适合：全基因组/外显子组重测序、变异检测（SNP/Indel）、bulk RNA-seq 差异表达、单细胞、表观（ChIP/ATAC/甲基化）等绝大多数"有参考基因组、看丰度和变异"的场景。
Oxford Nanopore（长读长）
- 优势：读长超长（可达 Mb 级）、实时出数据、设备便携（MinION）、可直接检测碱基修饰（如甲基化）而无需亚硫酸盐处理；
- 短板：单分子原始准确率历来低于 Illumina（近年随化学和算法升级已大幅提升至 Q20+），homopolymer 区仍需注意；
- 适合：de novo 基因组组装、结构变异检测、全长转录本、宏基因组、现场快速检测。
PacBio HiFi（长读长 + 高准确率）
- 优势：通过 CCS（环形一致性测序）在保持长读长（10–25 kb）的同时把准确率做到约 99.9%，兼顾长度与精度；
- 短板：单位数据成本高于 Illumina，通量相对有限；
- 适合：高质量参考基因组组装、全长转录本测序（Iso-Seq）、复杂区域与罕见变异、单倍型分型。
怎么选：按需求倒推
· 有参考基因组、做变异/表达/单细胞 → Illumina
· 从头组装一个高质量基因组 → PacBio HiFi（+ Hi-C 挂载），预算紧张可 Nanopore 长读长打底 + Illumina 纠错
· 结构变异、全长转录本、甲基化原位检测 → 长读长（Nanopore / PacBio）
· 现场、快速、便携 → Nanopore
实际项目里"混合策略"非常常见：长读长负责骨架与复杂区，短读长负责高准确度纠错与定量，Hi-C 负责染色体级挂载。把不同平台的长处叠加，往往比死磕单一平台更划算。
别忽略的几个现实因素
- 样本量与 DNA 质量：长读长对高分子量、完整 DNA 要求高，降解样本更适合短读长；
- 预算与通量的平衡：同样的钱，短读长能覆盖更多样本、更高深度；
- 下游分析配套：平台决定了后续用什么分析流程，立项时就该把分析方案一起想清楚，而不是拿到数据再发愁。
测序平台选型本质是实验设计问题，应该在花钱之前就和生信团队一起敲定。如果你正在立项，不确定该用哪种平台、测多深、配什么分析，欢迎把项目背景告诉我们，一起把方案定下来。